今年大學評鑑，首度以系所為單位執行，預計從今年起至99年，全面評鑑國內78所一般大學二千多個系所。此次大學系所評鑑共有5項指標，分別為「目標、特色與自我改善」、「課程設計與教師教學」、「學生學習與學生事務」、「研究與專業表現」，以及國內各類評鑑中首次出現的「畢業生表現」。

例如系所開課能否滿足學生需求、師資是否足夠、課程有無兼顧理論與實務、有無根據學生意見回饋進行教學改進、學生學習評量、提供學生獎助學金與工讀情形、系所行政支援與行政效率、學生學習輔導，以及畢業生升學就業情況、對系所的滿意度等，都將列入重要評鑑項目。

訪評內容並新增「教學現場訪視」，評鑑委員將直接觀察教師授課情形，為此次評鑑的一大特色。除此之外，還有教學設施參訪，與系所主管、教師、學生、行政人員、畢業校友晤談，問卷調查等內涵。

綜合系所自我評鑑報告與訪視結果，評鑑中心基金會將認證各系所是否達到應有的品質標準，達到即給予「通過」，未達到則分為「待觀察」與「未通過」。教育部高教司長陳德華指出，獲得「通過」的系所，應根據評鑑意見提交改進計畫報教育部備查；「待觀察」者，隔年須針對缺失進行追蹤評鑑，同時不得擴增招生名額，並考慮酌予減招；「未通過」者，並遭減招處分。教育部強調，若連續兩年評鑑未通過，系所將直接停辦退場。認可通過的有效期限為5年。